Trong triều, bốn viên quan đại thần cao cấp nhất mang hàm chánh nhất phẩm và tước hiệu đại học sĩ được gọi là tứ trụ triều đình và có chức năng tư vấn cao cấp cho nhà vua.
Trong những trường hợp vua còn nhỏ tuổi hoặc vua vắng mặt, bốn viên quan cao cấp đó sẽ giữ cương vị các phụ chính đại thần và tạo nên Hội đồng phụ chính với chức năng thay mặt vua điều hành công việc trong triều đình.
Từ Đạo Dụ ngày 27/9/1897 của vua Khải Định (được Nghị định ngày 28/9/1897 của Toàn quyền Đông Dương chuẩn y), Hội đồng phụ chính bị bãi bỏ, bốn viên phụ chính đại thần được chuyển thành các cố vấn đặc biệt của nhà vua. Cố vấn có quyền mật đàm với vua về mọi vấn đề và sau đó thay mặt nhà vua hội đàm với Khâm sứ Pháp.
Sau khi vua Khải Định chết (ngày 6/11/1925), vua Bảo Đại vắng mặt vì đang du học ở Pháp nên đương nhiên Hội đồng phụ chính được tái lập, do Chủ tịch Hội đồng đứng đầu. Hội đồng phụ chính và Chủ tịch Hội đồng Phủ tôn nhân đã kí với Toàn quyền Đông Dương bản Quy ước ngày 6/11/1025, trong đó quy định mọi vấn đề có liên quan đến ngành tư pháp, tổ chức các công sứ, tuyển dụng, thăng giáng quan lại các cấp của Nam triều… đều năm trong tay Khâm sứ. Như vậy, từ đây chức năng của Hội đồng phụ chính chỉ còn là thay mặt vua để tế lễ trời đất, sắc phong cho các thành hoàng làng và ban một số tước hiệu cho quan lại mà thôi.
Từ khi Bảo Đại về nước (tháng 9/1932), Hội đồng phụ chính bị giải thể.
Các bộ:
Các bộ có nhiều biến đổi hơn những cơ quan khác. Lúc đầu, Nam triều vẫn có lục bộ như trước Pháp thuộc. Năm 1908, triều đình lập thêm một bộ mới là Bộ học, sau đó từ năm 1932 được mang tên là Bộ quốc gia giáo dục.
Năm 1933, dưới sức ép của Pháp, Bảo Đại bãi bỏ Bộ binh và Nam triều có 5 bộ là Bộ lại, Bộ quốc gia giáo đục, Bộ tài chính và cứu tế xã hội, Bộ tư pháp, Bộ công chính, mĩ nghệ và lễ tân.
Từ năm 1937 trở đi có 7 bộ: Bộ lại, Bộ quốc gia giáo dục, Bộ tài chính, Bộ tư pháp, Bộ lê tân, Bộ công chính và Bộ kinh tế nông thôn.
Về tổ chức bộ máy và phương thức hoạt động của bộ, theo Đạo Dụ ngày 27/9/1897 của vua Thành Thái, đứng đầu bộ là thượng thư, còn tả thị lang phụ trách các công việc có liên quan đến bộ thuộc phạm vi các tỉnh phía nam kinh đô vào đến tỉnh Bình Thuận và kiêm cả công tác đối ngoại của bộ, hữu thị lang phụ trách các công việc có liên quan đến bộ trong phạm vi các tỉnh phía bắc kinh đô. Trong bộ có các ti do tham tri đứng đầu. Ở bộ còn có các chức lang trung, tả lí, viên ngoại, chủ sự, tư vụ… Theo Đạo dụ ngày 2/5/1933 của Bảo Đại, các viên đại biện Pháp bên cạnh các bộ được đổi gọi bằng chức danh “Cố vấn kĩ thuật”.
Công việc nào quan trọng của mỗi bộ phải được đem sang bàn bạc ờ Viện cơ mật và phải được sự chấp thuận của Khâm sứ, trước khi nhà vua kí ban bố. Còn những loại việc khác do bộ tự giải quyết.
Viện cơ mật và Hội đồng thượng thư
Viện cơ mật đặt dưới sự chủ toạ của nhà vua và giúp vua đề ra đường lối chung bao trùm mọi lĩnh vực. Lúc đầu Viện cơ mật chỉ gồm 4 thượng thư của các bộ quan trọng nhất (thông thường những thượng thư này là tứ trụ triều đình và là các phụ chính đại thần. Cả 6 thượng thư của lục bộ hợp thành Hội đồng thượng thư, một trong 6 thượng thư giữ chức Chủ tịch Hội đồng thượng thư và vua có quyền chủ toạ. Chức năng của Hội đồng thượng thư là họp bàn giải quyết những công việc cùng liên quan tới các bộ.
Đạo Dụ ngày 27/9/1897 mở rộng thành phần Viện cơ mật gồm cả 6 thượng thư, như vậy đương nhiên Hội đồng thượng thư không còn nữa.
Quy ước ngày 6/11/1925 quy định: Các thượng thư khi họp mà do vua chủ toạ thì được gọi là Viện cơ mật, còn nếu đặt dưới sự chủ toạ của Khâm sứ thì được gọi là Hội đồng thượng thư. Từng viên thượng thư có quyền ra nghị định, thông tư cho riêng bộ, còn Hội đồng thượng thư có quyền ra điều lệ, quy chế (nguyên văn thuật ngữ dùng trong Dụ).
Viện đô sát
Chức năng của Viện đô sát (tức Ngự sử đài) là kiểm soát mọi hoạt động của quan lại các cấp và giám sát việc thi hành luật pháp. Đứng đầu Viện đô sát là Đô ngự sử hay còn được gọi là Kiểm quan. Ngoài ra còn có các chức như Chưởng ấn, Ngự sử. Từ năm 1897, Viện đô sát bị đặt dưới sự chủ tọa của Khâm sứ.
Hội đồng Phủ tôn nhân
Chủ tịch Hội đồng là một người trong họ nhà vua có cấp bậc cao, giúp việc có tả tôn khanh và hữu tôn khanh.
Chức năng của Hội đồng là giải quyết các vấn đề có liên quan đến các thân vương, công tử, công tôn… của nhà vua; chỉ định người cai quản lăng miếu của dòng họ vua; tư vấn cho vua chọn người kế vị ngai vàng. Cũng từ năm 1897, Hội đồng Phủ tôn nhân bị đặt dưới sư chủ tọa của Khâm sứ.
Văn phòng của nhủ vua
Đây là cơ quan giúp vua giải quyết một số công việc thường nhật và tổng hợp tình hình trình lên vua. Đứng đầu Văn phòng là chức đổng lí.
