Trung Kì là đất “bảo hộ” và có kinh đô của Nam triều nên chức danh của viên quan chức người Pháp đứng đầu Trung Kì được gọi là Khâm sứ. Chính quyền của người Pháp cũng chỉ tổ chức tới cấp tỉnh.
Khâm sứ Trung Kì cũng có địa vị pháp lí, trách nhiệm quyền hạn tương đương nhu Thống sứ Bắc Kì.
Bắc Kì là đất “nửa bảo hộ”, còn Trung Kì là đất “bảo hộ” và là nơi có kinh đô của vua Nguyễn nên Khâm sứ Trung Kì có một số trách nhiệm và quyền hạn khác với Thống đốc Bắc Kì:
- Khâm sứ Trung Kì chỉ trực tiếp ban cấp phẩm hàm cho các công chức và binh lính người Việt tại các công sở của Pháp.
- Khâm sứ Trung Kì trực tiếp chỉ đạo và giám sát vua Nguyễn và triều đình Huế. Khâm sứ có cả quyền duyệt các đạo dụ – một hình thức văn bản pháp luật thể hiện quyền lực cơ bản trong thời kì phong kiến trước đây của nhà vua, trước khi đạo cụ đó được ban bố công khai; Khâm sứ Trung Kì có quyền cử một số quan chức người Pháp với chức danh đại biện, thay mặt cho Khâm sứ vào chỉ đạo và giám sát các bộ và các cơ quan cao cấp khác của triều đình. Ví dụ: Năm 1905 có ba Đại biện: Một ở bộ Lại và Viện cơ mật; một ở bộ Hộ, bộ Công, bộ Lễ, Phủ tôn nhân, Quốc tử giám; một ở bộ Hình và bộ Binh.
Khâm sứ Trung Kì cũng có các cơ quan phụ tá sau đây:
- Toà Khâm sứ Trung Kì (thành lập từ năm 1886).
- Phòng tư vấn liên hợp thương mại – canh nông (1897).
- Hội đồng Bảo hộ Trung Kì (1900).
- Hội đồng Học chánh Trung Kì (1923).
- Viện dân biểu Trung Kì (1926).
- Hội đồng lợi ích kinh tế và tài chính của người Pháp ở Trung Kì (1928).
- Uỷ ban khai thác thuộc địa Trung Kì (1937)
Như vây. ở Trung Kì không có Hội đồng cố vấn như ở Bắc Kì. Ở Bắc Kì phải lập ra Hội đồng này nhằm hỗ trợ cho Thống sứ trong việc thi hành những chức năng của chức Kinh lược sứ Bắc Kì mà chúc này đã bị xoá bỏ từ năm 1897 và chuyển chức năng của nó sang tay Thống sứ. Còn tất cả các cơ quan phụ tá của Khâm sứ Trung Kì đều tương ứng và có chức năng, quyền hạn tương đương như nhũng cơ quan phụ tá của Thống sứ Bắc Kì.
