Phủ thống sứ Bắc Kì:
Phủ thống sứ Bắc Kì được tổ chức theo sắc lệnh ngày 3/2/1886 của Tổng thống Pháp.
Chức năng: Cơ quan tổng hợp mọi mặt hoạt động của Pháp ở Bắc Kì.
Thành phần: Một văn phòng chịu trách nhiệm chung và đứng đầu là Chánh văn phòng; Phòng phụ trách những công việc có liên quan đến người Âu ở Bắc Kì; Phòng phụ trách những công việc có liên quan đến người Việt ở Bắc Kì, Phòng phụ trách về ngân sách Bắc Kì.
Các phòng thương mại ở Bắc Kì:
Theo Quyết định ngày 3/6/1886 của Tổng trú sứ Trung – Bấc Kì, ở Bắc Kì có Phòng thương mại Hà Nội và Phòng thương mại Hải Phòng. Địa bàn hoạt động của hai phòng thương mại này được phân định theo các tỉnh, không chỉ ở Bắc Kì mà ở cả Trung Kì.
Chức năng: Góp ý kiến về tất cả các vấn đề có liên quan đến thương mại, kĩ nghệ, tài chính, hàng hải.
Thành phần: Mỗi phòng thương mại có Chủ tịch người Pháp và các uỷ viên (phần đông là người Pháp, còn lại là người Việt).
Phòng canh nông Bắc Kì:
Phòng này được thành lập theo Nghị định ngày 10/2/1894 của Toàn quyền Đông Dương. Địa bàn hoạt động của nó sau dó được mở rộng vào tới các tỉnh Thanh – Nghệ – Tĩnh nên tìr ngày 17/2/1911 được đổi gọi là Phòng canh nông Bắc Kì và Bắc Trung Kì.
Chức năng: Tư vấn về các vấn đề nhân công nông nghiệp, thuỷ lợi, đồn điền…
Thành phần: Chủ tịch là người Pháp và các uỷ viên (trong đó 4/5 là người Pháp, còn lại là người Việt).
Hội đồng bảo hộ Bắc Kì:
Hội đồng này được thành lập theo sắc lệnh ngày 8/8/1898 của Tổng thống Pháp.
Chức năng: Đây là cơ quan phụ tá cao nhất và trọng yếu ở BắcKì. Hội đồng bảo hộ Bắc Kì thảo luận và thông qua các dự thảo nghi định của Thống sứ, về mọi vấn đề thuộc địa ở Bắc Kì, những ý kiến đóng góp của Viện dân biểu Bắc Kì và của các hội đồng hàng tỉnh Thống sứ có quyền triệu tập Hội đồng bảo hộ bất cứ lúc nào nếu xét thấy cần thiết.
Thành phần: Chủ tịch là Thống sứ, Thư kí là viên Chánh vãn phòng Phủ thống sứ và có 7 uỷ viên gồm Tổng tư lệnh quân đội viễn chinh Pháp đóng chiếm Bắc Kì, Tổng kĩ sư công chính phụ trách địa bàn Bắc Kì, Tổng biện lí Bắc Kì, 2 kiều dân Pháp và 2 kì hào người Việt (4 uỷ viên này do Thống sứ đề cử, Toàn quyền bổ nhiệm, nhiệm kì 4 năm)..
Hội đồng giáo dục Bắc Kì:
Hội đồng này được thành lập theo Nghị định ngày 18/9/1923 của Toàn quyền Đông Dương. Nó là tổ chức chân rết ở cấp kì của Hội đồng tư vấn học chính Đông Dương.
Chức năng: Tư vấn về chính sách và quy chế cho ngành giáo dục ở Bắc Kì.
Thành phần: Chủ tịch là Giám đốc Nha giáo dục Bắc Kì và các uỷ viên.